Historia powstania Centrum Herdera Uniwersytetu Gdańskiego jest ściśle związana z utworzeniem Instytutu Filologii Germańskiej (IFG) na UG. W lipcu 1989 roku przeprowadzono rekrutację na pierwszy rok studiów dziennych magisterskich, na który przyjęto około 20 kandydatów. Zainteresowanie nowo utworzonym kierunkiem studiów wśród studentów było ogromne, brakowało jednak pracowników naukowych. Powstanie IFG było ostatecznie możliwe dzięki staraniom prof. dr hab. Stefana Zabłockiego, który zaangażował się również w organizację Zakładu Filologii Klasycznej i Neolatynistyki na UG.
Przypomnijmy, że przed rokiem 1989 nie było politycznego przyzwolenia na utworzenie germanistyki w Gdańsku. Początek lat 90-tych to natomiast okres wielkich zmian oraz nadziei na normalność. 3 października 1990 roku doszło do zjednoczenia Niemiec i po raz pierwszy od zakończenia II wojny światowej Polacy mogli legalnie wyjeżdżać dalej niż tylko do NRD (Niemieckiej Republiki Demokratycznej).
Istniejący przez 28 lat w Gdańsku konsulat NRD przestał istnieć, a w jego miejsce utworzono konsulat Republiki Federalnej Niemiec (RFN). W latach 1990‒1993 pierwszą konsul nowo utworzonej placówki dyplomatycznej zjednoczonych Niemiec w Gdańsku została gdańszczanka dr Nelly Marianne Wannow, która opuszczając to miasto w marcu 1945 miała 11 lat. Po 45 latach wróciła do Gdańska‒Wrzeszcza, z którego ewakuowała się wraz z matką statkiem do Danii. We wspomnieniach Nelly Marianne Wannow „Byłam i jestem Gdańszczanką” czytamy, że bezpośrednio po wojnie uczęszczała w Danii do gimnazjum im. Johanna Gottfrieda Herdera, które w czasie wojny zostało ewakuowane z Berlina.
W związku z tym, kiedy w roku 1990 przy Uniwersytecie Gdańskim miała zostać powołana fundacja wspierająca wiedzę o języku i kulturze niemieckiej, zaproponowała ona właśnie J. G. Herdera na patrona fundacji. Johann Gottfried Herder, filozof i pisarz okresu oświecenia, przyszedł na świat w Morągu (Mohrungen) w roku 1744, położonym około 100 km w linii prostej na wschód od Gdańska, gdzie w byłej rezydencji pruskiego rodu szlacheckiego zu Dohna mieści się obecnie Muzeum im. J. G. Herdera.
Pod aktem założycielskim Fundacji J. G. Herdera podpisali się w dniu 27 lutego 1991 roku ówcześni prezydenci Polski i Niemiec: Lech Wałęsa i Richard von Weizsäcker. Głównym celem Fundacji Herdera było i jest wspieranie działalności dydaktycznej i naukowej związanej z językiem i kulturą niemiecką na Uniwersytecie Gdańskim. Te cele realizowały i realizują obok Centrum Herdera również filologia germańska, sekcja języka niemieckiego przy Centrum Języków Obcych, do roku 2007 Kolegium Kształcenia Nauczycieli Języków Obcych (KKNJO) i od kilku lat Instytut Lingwistyki Stosowanej.
Centrum Herdera UG otwarto oficjalnie kilka lat później ‒ 23 maja 1995 roku. Podczas otwarcia obecni byli miedzy innymi noblista Günter Grass i pisarka Christa Wolf. Na siedzibę Centrum Herdera wybrano kamienicę w centrum miasta przy ul. Ogarnej 26, co pozwoliło naszej jednostce na realizowanie strategicznych celów, czyli propagowanie kultury i języka niemieckiego, nie tylko wśród społeczności akademickiej, ale także mieszkańców Trójmiasta. Początki były trudne, musieliśmy od podstaw stworzyć cały księgozbiór, nawiązać współpracę z wieloma instytucjami i interesującymi ludźmi, zorganizować grupę kilkunastu doświadczonych lektorów oraz realizować w praktyce cele Fundacji Herdera.
Przez pierwsze dwa lata placówką kierowała pani Aneta Jarniewicz, była wykładowczyni w IFG UG. To ona nadała kierunek rozwoju Centrum Herdera, współtworzyła bibliotekę i czytelnię, organizowała pierwsze spotkania, wykłady, wystawy oraz pierwsze kursy języka niemieckiego. Dzięki włożonej przez nią pracy, kontynuowanej przez dr Marię Żukowską oraz pozostałych wcześniejszych i obecnych pracowników: Ingę Januszko, Zbigniewa Zembrzuskiego, Macieja Nuszkiewicza oraz dr Annę Kowalewską-Mróz. Centrum Herdera jest cenioną w Trójmieście i na Pomorzu jednostką UG. Byliśmy i jesteśmy jedyną tego typu placówką w naszym regionie, biblioteką i czytelnią książek i czasopism niemieckojęzycznych oraz ośrodkiem kultury i upowszechniania języka niemieckiego. Realizujemy liczne projekty dla dzieci, młodzieży i dorosłych, prowadzimy kursy językowe, a od 2022 roku jesteśmy Centrum Egzaminacyjnym Instytutu Goethego.